SoildiverAgro jako multidisciplinární a transdisciplinární konsorcium je složeno z partnerů z univerzit, výzkumných středisek, podniků, neziskových organizací, zemědělců, zemědělských organizací a organizací veřejné správy s odbornými znalostmi ve všech příslušných vědeckých a technických oblastech, prezentacích, předávání znalostí a poradenství.
Organizační struktura SoildiverAgro je postavena na znalostech a zkušenostech získaných v předchozích projektech EU. Řízení projektu je založeno na sdílené odpovědnosti, společném vlastnictví a dobré komunikaci. Struktura řízení SoildiverAgro byla navržena tak, aby podporovala všechny přispěvatele při dosahování cílů projektu.