SoildiverAgro, in quanto consorzio multidisciplinare e transdisciplinare, è composto da partner provenienti da università, centri di ricerca, imprese, organizzazioni no-profit, agricoltori, organizzazioni di agricoltori e organizzazioni della pubblica amministrazione con esperienza in tutti i settori rilevanti scientifici e tecnici: manifestazioni, trasferimento di conoscenze, diffusione, consulenza e raccomandazioni sulle scelte strategiche.
La struttura organizzativa di SoildiverAgro è costruita sulle conoscenze e le esperienze acquisite in precedenti progetti UE. La gestione del progetto si basa sulla responsabilità condivisa, sulla proprietà congiunta e sulla buona comunicazione. La struttura di gestione agricola di SoildiverAgro è stata progettata per supportare tutti coloro che contribuiscono al raggiungimento degli obiettivi del progetto.